Dependendo de sua necessidade, sempre faça o uso do próprio Gerenciador de Arquivos de sua hospedagem cPanel. No casos de grande volume de arquivos, torna-se mais seguro e rápido fazer o envio zipado e extrair através do cPanel.
Mas, se preferir um gerenciador externo, recomendamos FORTEMENTE o uso do FileZilla. Lembre-se, utilize seu domínio ou IP informado na abertura da conta, sempre na porta 1891. Não abra mão da criptografia e segurança, não use o FTP. Faça o download da versão correta ao seu sistema.
Download FileZilla Client for Mac OS X
Download FileZilla Server for Windows
Abra o cliente FTP FileZilla.
Digite seu host de FTP, nome de usuário e senha. Você pode usar seus detalhes de login cPanel como seu usuário FTP e senha. Digite seu nome de domínio como ftp.example.com ou example.com no campo Host.
Clique em Conexão rápida . Levará alguns segundos para se conectar. Em seguida, os arquivos do seu site aparecerão no lado direito.
Agora você pode começar a usar o FileZilla Client, gerenciar seu site e carregar/excluir arquivos do seu site.